拜糖平应用的早期，由于进入结肠的碳水化合物增加，引起肠道的细菌分解产生气体等小分子物质，会出现胃肠胀气和肠鸣音亢进，偶有腹泻和腹胀，极少见腹痛。长期应用拜糖平可减少进入结肠并被结肠细菌酵解的糖水化合物数量，从而减少肠道的不良反应。也可以通过“小剂量开始，逐渐增量”的给药方式，可以使患者逐步耐受